年の途中においては、配当等および譲渡損益はそれぞれ別々に管理されます。
配当等については支払いの都度源泉徴収が行われ、譲渡損益については売却取引等の都度その年の累計譲渡損益と合算され、源泉徴収または還付が行われます。
12月末に年間の損益が確定した結果が譲渡損失であれば、翌年初に配当等と譲渡損失の通算が自動的に行われ、配当等から源泉徴収された税金が還付されます。